生物化工学科是浙江省首批重中之重学科，1998年获工学硕士授予权，2003年获工学博士授予权。2011年以生物工程学科滚动进入浙江省重中之重学科建设。2015年入选学校“浙江省重点高校建设计划”首批8个重点建设一级学科并被遴选为浙江省“一流学科”(A类)进行建设。学科建有手性生物制造国家地方联合工程研究中心、国家“2011计划”长三角绿色制药协同创新中心生物制药中心、国家化学原料药合成工程技术研究中心生物制药中心、生物转化与生物净化教育部工程研究中心、浙江省生物有机合成技术研究重点实验室等近10个国家和省部级科研平台。拥有一支有较高学术水平的学科队伍，其中中国工程院院士2人，具有高级专业技术职务的教师59人，省部级以上人才26人。
近年来，学科承担了国家重点研发计划项目、国家973 计划项目、国家863计划项目、国家自然科学基金、国家新药创制重大专项、浙江省重大科技专项及重大科技开发校企合作项目等重大课题，获得国家技术发明二等奖、国家科技进步二等奖、浙江省科学技术一等奖、教育部科技进步一等奖、中国石油和化学工业联合会技术发明一等奖、中国专利优秀奖等多项奖励，在生物化工相关领域知名期刊发表学术论文300多篇。
浙江工业大学生物工程学科于1981年设立了浙江省第一个生物工程类本科专业。学科于2003年获博士学位授予权，2004年遴选为浙江省首批重中之重学科，2012年滚动进入省“重中之重”学科建设，2015年入选浙江省首批“一流学科（A类）”建设计划，2017年入选浙江工业大学“一流高峰学科”，2022年入选浙江省“十四五”省一流学科（A类），2023年入选浙江省“十四五”优势特色学科。历经四十余年的积淀，学科在“大平台、大项目、大成果”上取得全方位突破，在国内外生物工程学术、产业界享有较高的知名度和影响力。
学科在生物催化工程、微生物工程、生物制药工程、合成生物技术、生物资源与环境工程等研究方向形成了鲜明特色和优势，在国内外享有较高的知名度和影响力。学位点拥有手性生物制造国家地方联合工程研究中心、国家“2011计划”长三角绿色制药协同创新中心生物制药中心、国家化学原料药合成工程技术研究中心生物制药中心、生物转化与生物净化教育部工程研究中心、浙江省生物有机合成技术研究重点实验室、中国石油和化工行业药用化学品生物催化重点实验室、可再生资源利用与加工国家级实验教学示范中心等教学科研平台。
学位点拥有一支高学术水平的人才队伍，高级专业技术职称教师59人，其中中国工程院院士2人，省部级以上人才26人。
近年来，学科教师承担了国家重点研发计划项目、国家973计划项目、国家863计划项目、国家国际科技合作项目、国家新药创制重大专项、浙江省科技攻关重大项目等一大批重大课题，获得国家技术发明二等奖、国家科技进步二等奖、浙江省科学技术一等奖、中国专利优秀奖等奖励多项，拥有授权国家发明专利200多项，发表学术论文400余篇，生物学与生物化学学科进入ESI排名全球前1%。
浙江工业大学生物与医药专业硕士学位点由生物工程、轻工技术与工程等工程硕士专业领域学位授权点发展而来，依托浙江工业大学生物工程学科进行建设。生物工程学科于1981年设立了浙江省第一个生物工程类本科专业，2004年入选首批省“重中之重”学科行列，2009年生物工程专业被列为国家特色专业，2011年生物工程学科滚动进入浙江省重中之重学科建设。2015年入选学校“浙江省重点高校建设计划”首批8个重点建设一级学科并被遴选为浙江省“一流学科”(A类)进行建设，2022年入选浙江省“十四五”省一流学科（A类），2023年入选浙江省“十四五”优势特色学科。生物工程学科是支撑国家、浙江省战略性新兴生物产业发展的关键学科，在学校服务创新驱动发展战略规划中占有极其重要的地位。
学科在生物制药工程、生物催化与转化工程、细胞培养与代谢工程、合成生物学与系统工程、生物资源与生物环境工程等5个研究方向形成了鲜明特色和优势，在国内外享有较高的知名度和影响力。学科建有手性生物制造国家地方联合工程研究中心、国家“2011计划”长三角绿色制药协同创新中心生物制药中心、国家化学原料药合成工程技术研究中心生物制药中心、生物转化与生物净化教育部工程研究中心、浙江省生物有机合成技术研究重点实验室、中国石油和化工行业药用化学品生物催化重点实验室、可再生资源利用与加工国家级实验教学示范中心等教学科研平台。学位点拥有一支高学术水平的人才队伍，高级专业技术职称教师59人，其中中国工程院院士2人，省部级以上人才26人。
近年来，本学位点聚焦国家和区域重大发展战略，主动对接生物产业发展和新旧动能转换的重大需求，发明系列生物催化剂筛选、改造和工业应用新技术，创制了多种工业酶制剂以及生物催化合成和化学-酶法合成新路线，建立了医药、农药和营养化学品生产过程重构、强化和替代新技术，实现了治疗心脑血管疾病、重症感染、神经系统疾病、糖尿病等重大疾病治疗药物以及氨基酸、维生素、功能性糖和糖醇等的工业化。建成工业化生产线20多条，获国家技术发明二等奖2项、国家科技进步二等奖1项、省部级科学技术一等奖10项、中国专利优秀奖3项等奖励，拥有授权国家发明专利200多项，发表学术论文400余篇。
微生物学学位点依托9297威尼斯澳门生物工程一级学科。该学科入选浙江省“一流学科（A类）”建设计划和浙江省“重点高校建设计划”第一批重点建设学科，建有国家“2011计划”长三角绿色制药协同创新中心生物技术制药分中心等一批国家、省部级教学与科研平台。学位点以《微生物学》国家精品课程教学团队和浙江省首批重点创新团队——农业“生物三药”产业创新团队为核心，组建了一支结构合理、专业素质强的师资队伍。现有硕士生导师7人，均具有博士学位。近年来，承担了多项国家自然科学基金和浙江省重大科技专项重点项目等重大课题项目，在Appl Environ Microbiol、Antimicrob Agents Chemother、Front Microbiol等国内外权威期刊发表学术论文100余篇，其中SCI收录的论文50余篇。
微生物学硕士点从1993年开始与本校相近专业联合招生，2003年批准为硕士学位授权点，2004年开始独立招生，已培养硕士毕业生150 余人，其中有省级优秀毕业生、全国“挑战杯”二等奖获得者等。
生物化学与分子生物学是现代生物学研究的一个重要内容，是生物技术专业和生物工程专业的重要基础。本学位点于2005年获得硕士学位授予权，现依托于浙江省生物工程“一流学科（A类）”。目前学位点导师队伍梯队结构合理，力量较强，共有专职导师10余人，均具有博士学位，其中教授4人，副教授8人，具有美国和日本知名大学留学工作经历者8人。近年来承担国家重点研发计划课题、973课题、国家自然科学基金等国家级项目20余项；承担省科技厅、省自然科学重点、省杰青、省基金、日本和新加坡知名企业国际合作等科研项目40余项。学位点在Biotechnol Bioeng, Appl Microbiol Biotechnol, Bioresource technol, J Hazard Mater, Toxicol Sci, Chemosphere, Chronobiol Int等国际期刊发表SCI论文100余篇，申请和授权国家发明专利20余项。毕业生主要流向中科院或国内外名校继续深造，或在高校和生物医药等相关企业从事研发、管理等工作。